Next, specific hidden Markov models (HMMs) of human and zebrafish β-HSDs were developed by hmmbuild command in HMMER (HMMER3.1B2 13 ) and then used as the query sequences to search the protein databases of all the studied species with hmmsearch command in HMMER ( E -value = 0.01). Because all the β -hsd genes belong to the SDR family, except for hsd17b5 , which belongs to the AKR superfamily, there was concern that the HMMs-based search would miss hsd17b5 . Therefore, the amino acid sequence of human HSD17B5 was used as query sequence to search the protein databases of other species by local BLASTP with a cut off E -value of 1e-5 (BLAST 2.2.26 release from NCBI by anonymous FTP 14 ) (Altschul et al., 1997). All the suspected sequences were aligned with the NCBI non-redundant protein sequence database by online BLASTP program to obtain reliable sequences of β -hsd genes. Phylogenetic Analysis. Transcriptome-Based Analysis of Expression Profiling of the β -hsd Genes. Conditional Bet – a multi bet quina de são joão 2023 on irrelevant outcomes. A total of 22 and 19 β -hsd genes were collected from the human and zebrafish genome, respectively, which were used to construct HMM models.
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